Сталкер Призраки Прошлого 2 это мод с новым сюжетом, который рассказывает о событиях произошедших во время Второй Мировой Войны. Как и в первой части, игра имеет довольно короткий сюжет, который очень хорошо передает атмосферу. Модификации имеет несколько концовок, уникальные кат-сцены и другие изменения. Действие сюжета происходит на новой локации, в следствии некоторых событий, главный герой должен оказаться в Мертвом городе.
Первая часть рассказывает нам о судьбе военного, который отправился на поиски своего деда, который пропал без вести во время войны. После тщательных поисков, ему удается найти след, сделать это получилось с помощью записей в архиве. В них было сказано, что дед сражался на Украине в районе реки Припять. Что ждет главного героя на этот раз, что ждет военного на локации Мертвый город и что ждет в конце, предстоит узнать игрокам при прохождении мода Призраки Прошлого 2.